Il fait partie du groupe évangélique de Meaux groupé autour de l'évèque Briçonnet. Quand la persécution l'en chasse, il proclame partout l'évangile en particulier à Metz et Monbéliard. Doué d'une foix forte (on l'appelle le "tonnant"), il se fait remarquer par son caractère intrépide. Il arrête une procession religieuse sur un pont, et jette la statue de Saint Antoine dans la rivière en disant "vous avez entendu l'évangile quand vous détournerez de ces pratiques idôlatres!". La foule allait le lyncher. Un cri retentit à ce moment: "Saint-Antoine se noie!!". Farel réussit à s'enfuir. Farel se réfugie en Suisse et devient le réformateur de Lausanne, Orbe, Neuchatel, Genève. C'est lui qui y attire Calvin; en le menaçant du jugement de Dieu si celui-ci refuse d'entendre l'appel du Seigneur!". Lui le meneur accepte humblement de prendre la seconde place et laisse la conduite à Jean Calvin qui ne demandait qu'à rester dans l'ombre...
C'est encore Guillaume Farel qui va être l'artisan de la fusion de la réforme et du mouvement vaudois au synode de Chanforan.